1988-1989 – תחילת המסלול
עמותת שחייני ירושלים הוקמה בשנת 1988 במטרה לקדם את ענפי המים בירושלים. ספינת הדגל של העמותה ,הפועל ירושלים – שחייה, התחילה פעילותה בשנת 1989.
1991 – לראשונה אלופת המדינה
בשנת 1991, רק שנתיים לאחר הקמתה, הצליחה אגודת הפועל ירושלים לכבוש לראשונה את התואר "אלופת המדינה". מאז המשיכה האגודה להוביל את השחייה הישראלית לתוך האלף השלישי כאשר היא זוכה ב-10 תוארי אליפות מתוך 11 אפשריים.
נעם צבי, המאמן הראשי של האגודה בשנים 1990 ועד 1992, נבחר כמאמן האולימפי הישראלי לאולימפיאדת ברצלונה 1992, שם הוביל אתערן גרומי למקום ה-20 ולשיא ישראלי מצויין במשחה 100 מ' פרפר.
החל מ-1993 קיבל לידיו לאוניד שייכט את הפיקוד כמאמן הראשי של האגודה. במקביל התבקש שייכט לשמש כמאמן ראשי של נבחרת ישראל.
שחיינים בכירים עם מדליות
1996-1999 – שוברים שיאים בענף הספורט
ב-1996 מצליחה הפועל ירושלים להוביל את השחייה הישראלית כולה למעמד הבכיר של ספורט מועדף כאשר שני שחייני האגודה, ואדים אלכסייב ודן קטלר, אפשרו את יציאת קבוצת השליחים 100*4 מעורב לאולימפיאדת אטלנטה. הרביעייה, שהגיעה לגמר האולימפי ההיסטורי הראשון בתולדות השחייה הישראלית, קבעה את מעמד השחייה בארץ כענף מועדף, מה שמעניק תקציבים מוגדלים לאיגוד ולאגודות עד היום.
בתחרות אליפות אירופה 1999 שנערכה באיסטנבול קבע מיקי חליקה היסטוריה כאשר זכה במדליית הכסף במשחה ל -400 מעורב אישי והציב שיא ישראלי פנטסטי. שנה אח"כ בהלסינקי זכה חליקה במדליית הארד באותו משחה.
לאולימפיאדת סידני שלחה הפועל ירושלים מספר שיא של 4 שחיינים .
יואב גת שהעפיל למשחה החצי גמר ב – 200 מ' גב , מיקי חליקה שסיים במקום העשירי ב-400 מעורב אישי ואורן אזרד ויואב מאירי שהשתתפו במשחי השליחים ושותפים לשיאים הישראליים במקצועות אלו.
2001 – מעמותה למעצמה
מגמת ההתעצמות של הפועל ירושלים הגיעה לשיאים חדשים בשנת 2001. האגודה זכתה בכל התארים האפשריים באליפות המדינה, כאשר בקבוצת הנוער היא זוכה ביותר נקודות מהמקום השני והשלישי גם יחד.
לאליפות העולם בפוקואוקה יולי 2001 , שלחה הפועל ירושלים מספר שיא של 4 שחיינים. יואב גת שהעפיל לגמר העולמי ב-200 מ' גב קבע את התוצאה האיכותית ביותר בהסטוריה של השחייה הישראלית. מיקי חליקה סיים במקום ה-11 ושילה איילון במקום ה-15. דב מלניק קבע שיאים אישיים במשחי החזה.
2002 – מגשימה מטרות
בשנת 2002 הצליחה האגודה להגשים את כל המטרות בייצוג בינלאומי כאשר 4 שחייני האגודה קבעו קריטריון למשחקי הקומן, אחד לאליפות אירופה לנוער ו-4 נוספים לאליפות אירופה לבוגרים.
מיקי חליקה, שסיים חמישי באליפות אירופה בברלין יולי 2002, הוא השחיין היחידי ששייך לסגל הזהב של הספורט ההישגי. שילה איילון, שקזז 20 שניות משיאו הישראלי ב-1500 מ' חופשי ונכנס לסגל המיוחד של הספורט ההישגי, הוא ללא ספק השחיין המתקדם ביותר והמפתיע ביותר של השחייה הישראלית לשנה זו. יואב גת, למרות עונה פושרת, שמר על מעמד של סגל מיוחד בזכות הישגו ב-200 מ' גב באליפות אירופה. מחמאות לתמר שושן הצעירה שהביאה את המדליה הראשונה של ירושלים במשחקי הקומן. בתחרות הקבוצתית שוב זכתה האגודה בכל התארים האפשריים.
שחיין צעיר עם כובע ים של הפועל
2003 – 2004 – ממשיכה במסורת
בשנת 2003 האגודה שוב זוכה באליפות המדינה חורף וקיץ נוער ובוגרים. מחצית מהסגל הישראלי לאליפות העולם בברצלונה מהפועל ירושלים.
יואב גת קובע שיא ישראלי ב-200 מ' גב, מסיים עשירי בעולם, וקובע קריטריון אולימפי. מיקי חליקה מסיים עם מדלית ארד באוניברסיאדה, שומר על מעמדו בסגל המיוחד של הספורט ההישגי אך מחמיץ את הקריטריון האולימפי. ארז פרן מסיים שמיני ב-200 מ' פרפר באליפות אירופה לנוער ונכנס לסגל נוער מיוחד.
האגודה ממשיכה להחזיק בתואר "אלופת המדינה" כאשר בשנת 2004 היא זוכה, שוב, באליפות המדינה חורף וקיץ נוער ובוגרים. בנוסף לכך הפועל ירושלים זכתה בגמר אליפות הליגה הישראלית לגברים ולנשים, תוך הצגת יכולת משכנעת לאורך כל הליגה. בין השחייניות הבולטות : דקל שחף, תמר שושן, אילה ישראל, מאשה בליזניוק ונסטיה קרוטקוב. מאיה פינקלר עם שיא ישראלי ב 200 מ´ חופשי .
שילה איילון שבר את השיא הישראלי ב- 1500 מ´ חופשי כאשר קבע 14:58.70 ד´ והיה לשחיין הישראלי הראשון ששחה 1500 מטר חופשי מתחת ל-15 דקות באליפות העולם לבריכות קצרות הנערכת באינדיאנפוליס .
פעם ראשונה בהיסטורית מדינת ישראל שהשחייה האומנותית משתתפת באולימפיאדה והבנות נסטיה גלושקוב ואינה יופה עשו את הצעד הראשון, הן סיימו במקום ה-17 המכובד תחת שרביטה של טטיאנה צים.
